在宅勤務の個人事業主は損をする?フリーランスエンジニアが知るべき経費・保険・報酬の現実

毎朝、通勤電車に揺られながら「この時間、もっと有効に使えないか」と感じたことはありませんか。ITエンジニアとして働く方であれば、仕事のほとんどはパソコンとインターネットがあればどこでも成立します。
その問いに向き合い、在宅勤務を実現した個人事業主(フリーランス)エンジニアが増えています。この記事では、在宅勤務×個人事業主という働き方の定義・市場実態から、経費・報酬・案件の探し方、デメリット対策、そして2026年のAI活用戦略まで解説します。
この記事でわかること
- 「在宅勤務」と「個人事業主」の定義と、会社員テレワークとの違い
- 在宅勤務を実現している個人事業主エンジニアの最新市場データ(2025年)
- 経費計上・節税・フリーランス保護新法など、個人事業主が得られる経済的メリット
- 職種別月額報酬相場(平均76.5万円)と在宅案件の探し方
- 在宅フリーランスとして参画開始するまでの実践ステップ
- 2026年に知っておくべきAI活用戦略と収入への影響
目次
1. 「在宅勤務×個人事業主」とは?会社員テレワークとの違い

在宅勤務(テレワーク)とは、会社や事務所などの固定のオフィスに出社せず、自宅やサテライトオフィス等で業務を行う働き方の総称です。会社員が勤務先の制度に基づいて自宅で仕事をする「雇用型テレワーク」と、個人事業主が自宅を拠点にクライアントから受託した業務を行う「自営型テレワーク」の2種類があります1。
個人事業主とは、法人を設立せずに個人で事業を営む人が税務署に「開業届」を提出した税務上の区分です。フリーランスは「会社組織に所属せず、案件ごとに契約を結んで働く働き方」の総称であり、開業届を提出した人が個人事業主になります。
| 比較軸 | 会社員テレワーク(雇用型) | 個人事業主の在宅勤務(自営型) |
| 法的位置づけ | 労働基準法・雇用保険の保護あり | 業務委託契約。労働法の適用なし |
| 報酬の形態 | 毎月固定の給与(源泉徴収あり) | 月額報酬または案件報酬(請求書発行) |
| 経費計上 | 原則不可(会社負担分のみ) | 家賃・通信費・PC代等を家事按分で計上可 |
| 確定申告 | 会社の年末調整で完結(原則不要) | 毎年3月15日までに確定申告が必要 |
| 社会保険 | 会社の健康保険・厚生年金に加入 | 国民健康保険・国民年金(自己負担) |
| 収入の安定性 | 高い(毎月固定額が支払われる) | 案件次第。複数案件並行で安定化が可能 |
| 稼働の自由度 | 勤務時間・場所は会社ルールに従う | 稼働時間・場所を自分で設計できます |
2. 在宅勤務×個人事業主の現在地——2025年の市場データ

「在宅勤務できる仕事はごく一部」という認識は、数字を見ると変わります。国土交通省が2025年3月に公表した「令和6年度テレワーク人口実態調査」によると、雇用型就業者のうちテレワークを実施したことがある割合は24.6%に達しており、コロナ禍以降は下げ止まり傾向が続いています2。
産業別の数字は明確です。情報通信業においてテレワークを実施している割合は79.6%と全産業のなかで最も高く、ITエンジニアの仕事は構造的に在宅勤務と親和性があることが読み取れます3。フリーランス市場全体では、2024年のフリーランス人口は1,303万人、経済規模は20兆3,200億円に達しています4。
| 産業 | テレワーク実施割合 |
| 情報通信業 | 79.6% |
| 学術研究・専門・技術サービス業 | 49.8% |
| 金融業・保険業 | 47.8% |
| 教育・学習支援業 | 約30%台 |
| 全産業平均(雇用型) | 24.6% |
Remoguが実施した「フリーランスエンジニア職種別・言語別月額報酬調査2024年度版」では、フルリモートワーク×フリーランスエンジニアの全職種平均月額報酬が約76.5万円と、2022年調査比で約3万円アップしています5。
3. 個人事業主が得られる3つの経済的メリット

① 在宅勤務に関わる費用を経費計上できます
個人事業主の場合、事業に関連する支出は経費として計上でき、課税所得を減らす効果があります。在宅勤務においては「家事按分(かじあんぶん)」という仕組みを使い、家賃・電気代・通信費などを事業利用割合に応じて経費に算入できます6。
| 費用の種類 | 家事按分の有無 | 経費計上の考え方 |
| 家賃・地代 | あり(面積比) | 業務使用面積÷総面積で算出。自宅兼事務所の場合に適用 |
| 電気代・光熱費 | あり(時間比または面積比) | 稼働時間÷1日の使用時間などで算出 |
| インターネット通信費 | あり(時間比) | 業務使用時間の割合を基準に按分 |
| パソコン・周辺機器 | 原則なし(業務専用) | 業務専用であれば100%経費。10万円以上は減価償却 |
| デスク・チェア(業務専用) | なし | 業務専用であれば全額経費。10万円以上は減価償却 |
| 書籍・技術資料・セミナー代 | なし(業務関連のみ) | 業務に関連する書籍・セミナー代は100%経費計上可 |
| クラウドツール・ソフトウェア | なし(業務専用) | GitHubやAIコーディングツールなど業務使用分は経費 |
| 携帯電話・スマートフォン代 | あり(使用割合) | 業務使用割合(通話・連絡の頻度)をもとに按分 |
② 青色申告で最大65万円の特別控除を受けられます
個人事業主として青色申告を行うと、複式簿記により最大65万円の青色申告特別控除が適用されます。これは課税所得から差し引かれるため、実質的な節税効果は所得税・住民税の税率分だけ生まれます。たとえば税率20%の場合、65万円×20%=13万円の節税になります。クラウド会計ソフト(freeeやマネーフォワード クラウドなど)を使えば、在宅のまま申告を完結できます。
③ フリーランス保護新法(2024年11月施行)で取引環境が整備されました
2024年11月、「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律」(通称:フリーランス新法)が施行されました。この法律により、発注側の企業は業務委託の際に①業務内容・報酬額・支払い期日を書面または電磁的方法で明示すること、②報酬の支払い期日を業務終了日から60日以内とすること、などが義務づけられています7。マイナビキャリアリサーチLabの調査では、フリーランス新法について41.7%のフリーランスが「働きやすさの向上に寄与した」と回答しています8。
4. 在宅案件の報酬相場と探し方
Remoguが2023年1月〜2024年2月に発生した2,450件の案件を分析した「フリーランスエンジニア職種別・言語別月額報酬調査2024年度版」によると、フルリモート×フリーランスエンジニアの全職種平均月額報酬は約76.5万円です。年換算すると918万円になります5。
| 順位(2024年) | 職種 | 月額報酬(上限平均) | 前回(2022年)比 |
| 1位 | CTO / VPoE / テックリード | 約98.9万円 | +約5万円 |
| 2位 | プロジェクトマネージャー(PM) | 約90万円台 | 上位維持 |
| 3位 | インフラエンジニア / SRE | 約85万円台 | 前回5位→3位にアップ |
| 4位 | iOSエンジニア | 約82万円台 | 前回9位→4位、+約9.2万円 |
| 5位以下 | Androidエンジニア ほか | 約80万円前後〜 | モバイル系全体が上昇 |
| 全職種平均 | —— | 約76.5万円 | +約3万円 |
在宅案件の探し方——エージェントを活用する
在宅案件を効率よく探すには、リモートワーク専門のマッチングサービスを活用することが近道です。エージェントを選ぶ際のポイントは3つです。リモートワーク案件の充実度(フルリモートおよびハイブリッド案件の件数)、非公開案件の有無、そして契約・単価交渉・稼働後のフォローまでカバーするサポート体制です。
Remoguはリモートワーク案件に特化したITエンジニア向けマッチングサービスです。公開案件3,790件(フルリモート1,428件を含む)に加え、非公開案件も豊富に保有しています。専任のコンサルタントが稼働前のヒアリングから契約サポートまで対応するため、在宅案件への参画が初めての方でも安心してご利用いただけます。
5. 在宅フリーランスとして参画開始するまでの5ステップ
ステップ1:スキルの棚卸しと市場価値の確認
最初にすることは、自分が持っているスキル・実務経験の整理です。言語・フレームワーク・クラウド環境・プロジェクト経験を一覧化し、職種別報酬ランキングと照合することで、現時点での市場価値を把握できます。
ステップ2:開業届の提出と青色申告の申請
個人事業主として案件に参画するには、税務署への「開業届」の提出が必要です。開業日から1カ月以内が目安です。同時に「所得税の青色申告承認申請書」を提出することで、65万円の青色申告特別控除を受けられます。e-Taxを使えばオンラインで手続きが完結します。
ステップ3:マッチングサービスへの登録と面談
Remoguのようなリモートワーク専門のマッチングサービスに登録し、専任コンサルタントとの面談を通じて希望条件(稼働日数・稼働形態・報酬水準・技術スタック)をすり合わせます。面談後、スキル・経験に合った案件を複数ご提案します。
ステップ4:業務委託契約の締結と稼働開始
案件が決定したら業務委託契約を締結し、稼働開始です。在宅勤務の案件では、SlackやZoomを使ったオンラインコミュニケーション、GitHubやJiraでのタスク管理が中心になります。クライアントとのやり取りは基本的にオンラインで完結するため、自宅から全国どこにいても同様の環境で稼働できます。
ステップ5:確定申告と経費管理の習慣化
個人事業主として稼働を始めたら、日々の経費の記録・領収書の保管を習慣化します。クラウド会計ソフトを早期に導入することで、確定申告の際の作業を大幅に削減できます。毎月の報酬から源泉所得税が差し引かれている場合が多いため、確定申告で適切に申告することで還付金が発生するケースもあります。
6. 知っておきたいデメリットと対策
① 収入が不安定になる可能性があります
個人事業主は案件が途切れると収入が止まります。対策としては、複数案件の並行稼働(月に2〜3案件)や、Remoguのようなエージェントを使って継続的に案件紹介を受ける体制を整えることが有効です。案件が終了する1〜2カ月前から次の案件探しを始める習慣が安定稼働につながります。
② 社会保険・社会保障が手薄になります
個人事業主は国民健康保険・国民年金への加入が必要であり、会社員の厚生年金・社会保険と比べると保障が薄くなります。国民年金基金やiDeCo(個人型確定拠出年金)を活用することで、老後の備えを自分で設計できます。iDeCoの掛け金は全額所得控除になるため、節税にもなります。
③ 金融機関の審査が不利になることがあります
個人事業主は収入の安定性を証明しにくいため、会社員と比較してローン審査や賃貸審査で不利になるケースがあります。継続した確定申告書(2〜3年分)と安定した収入実績を積み上げることが、信用力の向上につながります。
④ 孤独感・モチベーション管理が難しくなることがあります
在宅勤務の個人事業主は、同僚がいないため孤独感を感じやすい環境です。エンジニアのオンラインコミュニティ(GitHubや勉強会等)への参加、月に数回のコワーキングスペース利用など、意図的に人とのつながりを設計することが有効です。
7. 2026年に知っておくべきAI活用戦略
AI活用の有無が収入差に直結しています
AIツールを業務に活用しているフリーランスは、そうでないフリーランスと比べて案件単価・稼働効率の両面で優位な傾向があります。AI活用によってコーディング・資料作成・コミュニケーションなどの作業時間を短縮し、より多くの案件に対応できる環境が整います。これは時間単価・月額報酬の引き上げに直結します。
在宅フリーランスが今すぐ取り組めるAI活用
- コーディング支援ツールの活用:GitHub CopilotやCursor(AIコードエディタ)を使うことで、コーディング速度と品質を向上させられます。単純な実装作業の時間を圧縮し、設計・レビューに集中できます
- 生成AI・LLM関連スキルの習得:Python×LangChain、RAG構築、プロンプトエンジニアリングなどのスキルは、2026年のAI案件増加に直接対応できます。既存のバックエンド・インフラスキルとの組み合わせで市場価値が高まります
- 業務プロセスの自動化:確定申告のデータ整理、議事録の自動生成、ドキュメント作成など、エンジニア以外の業務にもAIを適用することで、稼働時間に占める付加価値業務の割合を高められます
在宅勤務という環境は、継続的なスキルアップに使える時間を生み出しやすい環境でもあります。通勤に費やしていた時間をAI学習に充てることが、2026年以降の競争力に直結します。
8. まとめ
- 在宅勤務×個人事業主(自営型テレワーク)は、会社員テレワークと異なり業務委託契約が基本です。経費計上・税制優遇・取引保護が大きなメリットとなります
- 情報通信業のテレワーク実施割合は79.6%と全産業最高水準です。ITエンジニアの在宅勤務は構造的に実現しやすい環境が整っています
- フルリモート×フリーランスエンジニアの全職種平均月額報酬は約76.5万円です。経費計上・青色申告特別控除・フリーランス新法の3軸で手取りと働き方を改善できます
- 在宅案件はリモートワーク専門のマッチングサービスで効率よく探せます。Remoguでは公開案件3,790件(フルリモート1,428件)をご提供しています
- 収入不安定・社会保険の手薄さ・ローン審査など、デメリットは事前把握と対策で十分に対応できます
- 2026年のAI活用は収入差に直結する段階です。生成AI・LLM関連スキルと既存スキルの掛け合わせが市場価値を高めます
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9. よくある質問(FAQ)
Q1. 個人事業主として在宅勤務で稼ぐには何から始めればよいですか?
スキルの棚卸し→税務署への開業届提出→リモートワーク専門のマッチングサービスへの登録という順番でお進みいただくことをお勧めします。開業届はe-Taxでオンライン提出でき、在宅のまま手続きが完結します。同時に青色申告承認申請書を出すと、最大65万円の特別控除を受けられます。
Q2. 在宅勤務の個人事業主は家賃を経費にできますか?
家事按分(かじあんぶん)という仕組みを使い、業務に使用している面積の割合分を経費計上できます。たとえば自室20㎡のうち4㎡を業務スペースとして使っている場合は20%が経費対象です。按分比率は合理的な根拠をもとに設定し、記録を残しておくことが重要です。
Q3. 会社員テレワークと個人事業主の在宅勤務は何が違いますか?
会社員テレワークは雇用契約に基づき労働基準法の保護があり、年末調整で税務が完結します。個人事業主の在宅勤務は業務委託契約に基づき、確定申告が必要ですが、経費計上・青色申告特別控除・報酬の柔軟な設定など、経済的な自由度が大きく異なります。
Q4. フリーランス新法は個人事業主の在宅勤務にどう影響しますか?
2024年11月施行のフリーランス新法により、発注側の企業は業務委託の際に報酬額・支払い期日などを書面で明示し、支払い期日を業務終了から60日以内とすることが義務化されました。在宅で個人事業主として活動するエンジニアにとっては、報酬トラブルを防ぐ制度的な保護として機能します。
Q5. 個人事業主(フリーランス)の在宅勤務のデメリットは何ですか?
主なデメリットは4つです。①案件が途切れると収入が止まる(複数案件並行で対策)、②国民健康保険・国民年金など社会保障が会社員より手薄(iDeCo等で補完)、③住宅ローン・賃貸審査で不利になることがある(確定申告書の積み上げで信用力を向上)、④孤独感・モチベーション管理が難しい(コミュニティ参加で対策)。事前把握することで十分に対応できます。
Q6. 2026年にAIスキルがないフリーランスエンジニアは不利になりますか?
AI関連案件は増加傾向にあり、AIを扱えるエンジニアへの需要は高まっています。一方で、既存のバックエンド・インフラ・モバイルスキルのニーズは継続しており、「AIを使いこなしながら既存スキルを深める」という方向性が現実的です。GitHub Copilotのようなコーディング支援ツールから始めることで、スムーズにAI活用を業務に組み込めます。
出典・参考情報
1 厚生労働省「自営型テレワーカーのための税務基礎知識」
2 国土交通省「令和6年度テレワーク人口実態調査 調査結果」2025年3月公表
3 独立行政法人労働政策研究・研修機構(JILPT)「テレワークの状況——就業構造基本調査結果から——」ビジネス・レーバー・トレンド2023年12月号
4 ランサーズ株式会社「フリーランス実態調査2024年」2025年1月公表
5 Remogu「フリーランスエンジニア職種別・言語別月額報酬調査2024年度版」(株式会社LASSIC運営)2024年4月公表
6 国税庁「家事費及び家事関連費」・厚生労働省「自宅等でテレワークを行う際の作業環境整備」
7 内閣官房・公正取引委員会「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律(フリーランス新法)」2024年11月施行
8 マイナビキャリアリサーチLab「フリーランスの意識・就業実態調査2025年版」2025年10月21日公表
